深入了解生物大分子的新路徑
結(jié)構(gòu)選擇后,將多個快照組合得到的八面體納米粒子的三維衍射圖
Credit: Kartik Ayyer and Joerg Harms, Max Planck Institute for the Structure and Dynamics of Matter
碳水化合物,脂肪,蛋白質(zhì)和核酸都是大分子,它們存在于我們的細(xì)胞中,對生命至關(guān)重要。了解這些大分子如何工作的關(guān)鍵在于了解有關(guān)其結(jié)構(gòu)的詳細(xì)信息。該團(tuán)隊使用了金納米顆粒作為生物分子的替代品,測量了1000萬個衍射圖樣,并使用它們生成了史上最高分辨率的3D圖像。金粒子比生物樣品散射的X射線要多得多,因此可以成為良好的測試樣品。他們能夠提供更多的數(shù)據(jù),這對于隨后可用于生物分子的微調(diào)方法很有用。
“用于獲得生物分子高分辨率圖像的技術(shù)包括X射線晶體學(xué),這要求將生物分子結(jié)晶,這不是一個容易的過程,或者是用于冷凍分子的冷凍電子顯微鏡,” Ayyer說。X射線自由電子激光的出現(xiàn)打開了單粒子成像(SPI)的大門,該技術(shù)有可能在室溫下提供生物分子高分辨率圖像,而又不需要結(jié)晶。這意味著可以研究更接近其原始狀態(tài)的生物分子,例如,可以更好地了解它們在我們體內(nèi)的結(jié)構(gòu)和功能。
“但是,SPI仍然存在兩個障礙:收集足夠的高質(zhì)量衍射花樣并正確分類生物分子的結(jié)構(gòu)變異性。我們的工作表明,這兩個障礙都是可以克服的?!彼a(bǔ)充道。“即使在最好的情況下,以前的SPI實驗也只能產(chǎn)生約數(shù)萬個衍射圖像。但是,要獲得與結(jié)構(gòu)生物學(xué)相關(guān)的分辨率,研究人員需要10到100倍以上的的衍射圖?!?Ayyer解釋說。由于歐洲XFEL的獨特能力,即每秒大量的X射線激光脈沖(也稱為重復(fù)頻率)和高的脈沖能量,我們團(tuán)隊能夠在一個5天的實驗內(nèi)收集1000萬個衍射圖樣。同時他提到 “這么多的數(shù)據(jù)是前所未有的,我們相信我們的實驗為該領(lǐng)域的未來設(shè)定了范本。”
為了克服生物分子結(jié)構(gòu)變異的障礙,即處理每個彼此之間略有不同的粒子的快照,研究小組使用了他們開發(fā)的一種特殊算法。衍射圖樣是由類似于快速X射線照相機(jī)的二維探測器收集的。然后,一種算法對數(shù)據(jù)進(jìn)行排序,讓研究人員能夠重建生物分子的圖像?!拔覀兪褂昧俗赃m應(yīng)增益積分像素探測器(AGIPD)的功能,該功能使我們能夠以很高的速率捕獲圖像。然后,我們使用定制的算法收集并分析了數(shù)據(jù),以獲得有史以來分辨率最高的圖像?!? Ayyer說。
SPB / SFX研究小組的首席科學(xué)家Adrian Mancuso說:“這項研究真正利用了我們設(shè)備的高重復(fù)頻率,快速成幀的探測器以及有效的樣品傳輸?shù)莫毺匦阅堋_@表明,將來歐洲XFEL在探索未結(jié)晶的室溫生物分子的'視覺'極限方面處于有利地位?!?/span>
參考信息:https://www.xfel.eu/news_and_events/news/index_eng.html?openDirectAnchor=1848&two_columns=0
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